Für das mechanische Reinigen der Brunnenrohre können runde Spezialbürsten eingesetzt werden, die Glasbürsten ähneln. Sie werden in das Brunnenrohr eingeführt und können mit Hand bedient werden oder in das Bohrfutter einer Bohrmaschine eingespannt werden.
Eine weitere Art, ein montiertes Brunnenrohr zu reinigen, an die oft nicht gedacht wird, ist ein erneutes Plunschen des Brunnens. Durch die Kiespumpe beziehungsweise Kiesbüchse wird abgesetzter und auf der Brunnensohle ausgeflockter Schmutz aufgenommen und aus dem Rohr befördert. Beim Reinigen eines Brunnenrohrs sollte immer versucht werden, den Brunnenring und Filterkies möglichst mit zu reinigen.