Um das Brunnenrohr zu reinigen, kann ein neuerliches Plunschen hilfreich sein, bei dem eventuell eingedrungene Schmutzpartikel aus dem Rohr „gehoben“ werden. Zudem können durch Hochdruck die Filterschlitze oder Filterporen frei gedrückt werden.
Häufiges Problem beim einseitigen Entschlammen des Brunnens ist der Faktor, dass die Schmutzpartikel sich im umgebenden Filterkies sammeln und relativ schnell wieder in das Brunnenrohr eingespült werden und die Filter erneut zusetzen.
Um den Bohrbrunnen nachhaltig zu entsanden, sollten mehrere Löcher neben dem Brunnenrohr gebohrt werden, die die Wasser führende Schicht erreichen. In die Löcher werden Spüldüsen eines Hochdruckreinigers eingeführt und der Filterkies sauber „gespritzt“.