Soll eine Zisterne trotzdem einmal komplett gereinigt werden, kann das mithilfe einer Schmutzwasserpumpe und eines Hochdruckreinigers gut selber durchgeführt werden. Die Geräte sind für Tagessätze ab fünfzig Euro in Baumärkten oder bei Maschinenverleihern zum Mieten. Als Anschaffungskosten für einen Hochdruckreiniger sollten ab hundert Euro kalkuliert werden, Schmutzwasserpumpen sind ab etwa 200 Euro erhältlich.

Ein professioneller Reinigungsbetrieb berechnet für eine reine Innenreinigung des Wasserspeichers einer Zisterne 200 bis 300 Euro. Wenn Filter, Verrohrungen und gegebenenfalls eine Versickerungsanlage vorhanden sein, können sich die Kosten auf bis zu 500 Euro summieren.