Vorbeugend muss das Eindringen von pflanzlichen und anderen organischen Stoffen wie Kleintiere, Fell oder Tierkot durch einen angemessenen Zisternenfilter verhindert werden. Je nach Zisternenart können auch mehrere Filtergänge erforderlich werden.

Nachdem eine Zisterne bereits stinkt, sollte zuerst unter den Anschlussmoeglichkeiten geprüft werden, ob sich im Abfluss oder Überlauf ein Siphon befindet. Er unterbindet das Entweichen von Geruch aus der Zisterne.

Hilfreich ist das Anreichern des Zisternenwassers mit Sauerstoff. Dafür kann eine handelsübliche Sauerstoffpumpe für Aquarien oder ein Luftkompressor beispielsweise für Luftmatratzen genutzt werden.